En esta segunda parte el guión no es del todo sólido, no profundiza tanto en los conflictos interiores de sus personajes y, como era de suponer, deja un poco de lado sus componentes filosóficos para darle más espacio a las peleas y la acción. Esta elección queda demostrada en la caracterización del protagonista Neo, El Elegido, el ser predestinado a salvar a la humanidad. En relación a la primera parte, el personaje interpretado por Keanu Reeves ha evolucionado de manera notable, ahora es capaz de volar, de pelear contra centenares sin perder la calma, conoce sus ilimitadas posibilidades físicas dentro del mundo virtual de Matrix. No obstante, fuera de lo referido a estas destrezas, nada más parece haber cambiado en su mente, o al menos el guión no se preocupa (o lo hace muy por encima) por sus conflictos internos, por su modo de encarar la vida desde que entendió que su rol en el mundo había cambiado radicalmente.
En la batalla por defender a Zion, la última ciudad humana, de un inminente y presumiblemente devastador ataque de las máquinas, sólo hay una esperanza: Neo, secundado por su enamorada Trinity (interpretada por Carrie-Anne Moss) y por el líder Morfeo (Laurence Fishburne). La guerra tiene que acabarse, y quizás el camino a seguir para lograrlo esté dentro de cada ser, en la búsqueda de una verdad, de la respuesta a una pregunta simple: ¿Cuál es la razón por la que cada uno de nosotros está aquí? Por supuesto que por fuera de este planteo hay una guerra, y eso quiere decir malos y buenos, odio y amor. Esta versión de Matrix está centrada en la confrontación constante. Incorpora nuevos personajes a la lucha. Villanos y amigos. La mayoría de ellos son pintorescos, como los gemelos contra los que combate Neo, la mujer diabólica y hermosa (encarnada por Monica Bellucci) que le ayuda, o como el viejo cerrajero dueño de la llave al futuro, entre otros. Pero de todos los personajes secundarios, el más divertido de todos es el agente Smith, el mismo que Neo derrotó en la primera parte, ahora con la habilidad de multiplicarse en cientos de clones de sí mismo, todos unidos por el odio y los ánimos de destrucción de El Elegido.
Los ritmos y la dinámica del film no ofrecen un espacio vacío, la trama avanza arrollándolo todo en su marcha. Dejando bien en claro en pantalla, una secuencia tras otra, el colosal presupuesto que disponía y las capacidades creativas para bien aprovecharlo. De todas maneras, es Matrix. Y eso significa que no se trata de una simple película de ciencia ficción sostenida en sus efectos especiales. Uno de los secretos del éxito histórico de las películas del género fue justamente utilizar los efectos no como un fin en sí mismos sino como una herramienta a través de la cual contar otra cosa. En Matrix, esa otra cosa tiene forma de signo de pregunta. Un signo de pregunta gigante que sirve también para definir un estado de la época actual, abrumada por cuestiones de poder, control, significado. Ésa es la clave de Matrix: capta la sensibilidad de un momento de la humanidad. Esa interpelación a escala humana, como llave de acceso a la individualidad de cada uno, con la que es difícil no identificarse, funciona también en esta versión recargada de la saga.
